Die evangelisch-lutherische Jubilategemeinde von Waldperlach und Putzbrunn wurde 1982 eigenständig. Sie war zuvor Teil von St. Paulus in Perlach, der früheren Mutterkirche des Münchener Ostens. Ursprünglich reichte diese von Berg am Laim bis Unterhaching und von Ramersdorf bis Höhenkirchen. Die neugotische Pauluskirche, erbaut 1849 und gelegen am Hachinger Bach unweit vom Pfanzeltplatz, ist heute Münchens älteste evangelische Stadtkirche.
Längst haben Waldperlach und Putzbrunn mit der Jubilatekirche (Baujahr 1986) und St. Martin (Baujahr 1993) ihre eigenen Kirchen. Die evangelische Kirche von Waldperlach – gelegen in unmittelbarer Nachbarschaft des historischen Wasserturms (1922) und später umgebaut zum Glockenturm (1980) – ist ein Beispiel moderner Kirchenbaukunst. Sie ist heute Teil des Münchner KulturGeschichtspfad für Ramersdorf-Perlach.
Die evang. Kirche St. Martin bildet zusammen mit der kath. Kirche St. Stephan das ökumenischen Kirchenzentrum von Putzbrunn, in dem Christen beider Konfessionen ihr Zuhause gefunden haben.