Die Gemeindeleitung stellt den administrativen Aufbau der Jubilategemeinde dar. Das Pfarramt ist besetzt mit drei hauptamtlichen Mitarbeitern, den beiden Pfarrern Pfr. Klaus Gruzlewski und Pfrin. Barbara Hopfmüller sowie Frau Doris Riepl als Pfarramtssekretärin. Die Amtsführung und die Vertretung des Pfarramts nach außen obliegt Pfr. Klaus Gruzlewski.

Intern sind die Aufgaben regional verteilt: Pfrin. Barbara Hopfmüller  ist für das Gemeindegebiet Putzbrunn (halbe Pfarrstelle) und Pfr. Klaus Gruzlewski für Waldperlach zuständig.

Das oberste Leitungs- und Entscheidungsgremium  der Jubilate- Kirchengemeinde ist der Kirchenvorstand. 

Er setzt sich zusammen  aus dem Pfarrerduo sowie zehn ehrenamtlichen Gemeindevertretern, die auf sechs Jahre gewählt bzw. berufen sind. Außerdem wird der Kirchenvorstand mit fünf Mitglieder ohne eigenes Stimmrecht ergänzt.

Für verschiedene Aufgabengebiete gibt es Ausschüsse, die vom Kirchenvorstand bestimmt und nach Ressorts gegliedert sind. Dabei wird zwischen beschließenden und beratenden Gremien unterschieden. Bei den Ausschüssen mit eigener Entscheidungs- kompetenz müssen für eine Beschlussfassung immer mindestens zwei stimmberechtigte Kirchenvorsteher vertreten sein.